水文预报研究所成立于2010年，前身为原水文水资源系水文预报教研室。现有教职工24人，其中教授8名，博士生导师8名，副教授14名；享受国务院政府特殊津贴1名，教育部高校优秀青年骨干教师计划入选者2名，水利部跨世纪优秀中青年学科带头人1名，江苏省教学名师1名，省“333人才工程”中青年学术带头人选2名，江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师1名，江苏省水利厅水旱灾害防御抢险专家1名，河海大学创新人才计划1名。

工程水文研究所是由工程水文与水文气象研究所（成立于2010年）变更而来，是以原刘光文教授带领的水文计算教研组和周恩济教授带领的水文气象教研组为基础组建。现有教职工15人（含2名博士后），其中教授4人，博士生导师5名，副教授/副研究员8名，享受国务院政府特殊津贴1名，国家级人才计划入选者1名，江苏省教学名师2名，江苏省优秀教育工作者1名，宝钢教育基金会优秀教师3名，严恺教育奖一等奖1名。

水资源既是基础性的自然资源，又是战略性的经济资源，同时也是生态环境的控制性要素。在全球气候变化和以国家水网为代表的高强度人类活动共同作用下，极端洪旱事件频现，水资源短缺、地下水过度开发现象日益加强，我国水资源情势和格局正在发生巨大的变化，水资源的脆弱性已经成为影响社会经济可持续发展的战略性问题。

智慧水文研究所的前身是水文水利自动化研究所，旨在通过融合人工智能、水文学、水资源学等跨学科理论，深化智慧+水文理论研究，革新传统的水文监测预报及调度决策等模型，推动水文技术革新和工程化应用，培养智慧水文相关专业人才，服务国家生态环境保护和水灾害防御能力提升。

全球变化研究所是在河海大学和美国沙漠研究所2007年联合成立的“中美全球变化与水循环研究中心”基础上，历经2011年和2024年两次学院系所调整后形成。针对全球气候变化与人类活动对水循环过程影响国际学术前沿，围绕“一带一路”、“长江经济带”、“黄河流域生态保护和高质量发展”、“京津冀协同发展”等国家重大战略需求，开展基础研究和应用基础研究。

水务工程研究所，原为城市水务工程研究所，建立于2010年，现有专职教师12名。专职教师中教授4名、副教授7名，国家级人才计划青年项目1人，江苏省特聘教授1人，省级教学名师1人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师1名。承担河海大学水务工程本科专业、城市水务硕士和博士学科点的教学和人才培养工作，从事城市化地区水安全、水资源、水环境等方面的科学研究和社会服务工作。

        水文水资源实验中心归属中欧体育官方平台入口，成立于2002年9月，为水利工程国家级实验教学示范中心和水利学科专业国家级实验教学示范中心组成单位。下设水文测验实验室、水文气象实验室、自然地理实验室、地下水测试与模拟实验室、水文生态环境实验室、水务工程实验室和计算机中心。实验中心主要服务于本科实验教学。

生态水文研究所依托水文学及水资源、生态水利两大学科，下设一个本科专业（水务工程）、两个博士点（生态水利、城市水务）、两个硕士点（生态水利、城市水务）。现在有专职教师16名，其中教授8名（国家级人才2名）、副教授7名、讲师1名。